سرانجام عالم خستگی ناپذیر دیار حجاز ، حضرت آیت الله شیخ محمد علی عَمری ، سرشناس ترین و معروف ترین روحانی شیعه شهر مقدس مدینه منوره و حتی در کل جزیرة العرب ، در یکصد و دو سالگی بدرود حیات گفت و در جوار حرم پاک رسول خدا (ص) و ائمه معصوم (ع) و مدفون در بقیع به خاک سپرده شد و روح پاکش در کنار ارواح طیبه اولیائش آرام گرفت.

این عالم فرزانه و پیر روشن ضمیر و روحانی سخت کوش و پُرتلاش که بیش از شصت سال در مملکت وهابی ها و دشمنان اهل بیت (ع) از اسلام ناب و مکتب اهل بیت (ع) دفاع و از مذهب شیعه تبلیغ می نمود ، نا گواری ها و ظلم و زورهای زیادی را تحمل کرد و قریب به چهل سال از عمر گران مایه خویش را در زندان های مخوف سعودی ها گذرانید و بارها به جرم تبلیغ تشیع و مکتب اهل بیت (ع) دستگیر و در بی دادگاه های سعودی محاکمه و محکوم به شکنجه و زندان می گردید و حتی چند بار محکوم به اعدام شد که خدای بزرگ نجاتش داد.ازجمله یک بار محکوم به اعدام گردید و تا بالای چوبه دار نیز رفت ولی باز خدا یار و کمک کار او بود و وی را ناباورانه رهایی بخشید.

آیت الله عمری دانش آموخته شهر مقدس نجف اشرف بود و پس از تکمیل دروس حوزوی و کسب مقام اجتهاد در سنین چهل سالگی به مدینه منوره برگشت و در آغاز در نزدیکی قبرستان بقیع حسینیه ای را دایر و مرکزی برای تبلیغ و تجمع شیعیان مدینه به وجود آورد ولی وهابیان منحرف تاب تحمل چنین مکانی را نداشته و به بهانه تعریض خیابان تخریبش کردند و این عالم مجاهد ناچار شد باغستان شخصی خویش را که در گوشه شهر مدینه قرارداشت به این امر اختصاص دهد واز پراکندگی شیعیان جلوگیری و وحدت و همدلی آنان را حفظ نماید. وی آن باغستان مصفا را که دارای چاه ، آب جاری فراوان و نخلستان پُر ثمر است وقف شیعیان نمود و در آن حسینیه دایر کرد و دفتر کار و تبلیغ خویش را نیز در آن قرارداد.نماز جماعت شیعیان با تربت حسینی و اذان و اقامه به رسم شیعیان در هر سه وقت نماز در آن برقرار بود و خود او امامت جماعت را بر عهده داشت و هنگامی که خود توفیق حضور نداشت ، فرزند فاضلش حجت الاسلام شیخ کاظم عَمری به جای وی اقامه جماعت می کرد و توفیقی برای من بود که در ایام عمره مفرده و حج تمتع به همراه کاروانیان خود در این مکان مشرف حضور یافته و با این بزرگوار از نزدیک دیدار نمایم و با فرزندش شیخ کاظم سلام و علیکی داشته و با امامت وی نماز جماعتی بخوانم.

پس از رحلت آیت الله عمری مجالس ختمی برای وی در بسیاری از مناطق شیعه نشین دنیا برقرار نموده و یاد و خاطره اش را گرامی داشتند. از جمله در مسجد ارک تهران مجلس با شکوهی در عصر روز یکشنبه 10 بهمن 1389 برگزار گردید و آیت الله استادی از اعضای ارشد جامعه مدرسین قم درباره شخصیت و خدمات فراوان این روحانی پرتلاش سخنرانی کرد.

هم چنین آیت الله جنتی ( امام جمعه تهران و عضو ارشد جامعه مدرسین قم ) و حجت الاسلام والمسلمین مروی ( از اعضای دفتر مقام معظم رهبری ) به نمایندگی از حضرت آیت الله خامنه ای رهبر فرزانه انقلاب اسلامی ایران عازم عربستان سعودی و شهر مدینه منوره شده و ضمن شرکت در مجلس ختم آیت الله عمری ، تعزیت و تسلیت مقام معظم رهبری را به خانواده و بازماندگان آن مرحوم به ویژه فرزند عالم و فاضل وی جناب حجت الاسلام شیخ کاظم عمری ابلاغ نمودند.